La tecnología de adsorción por oscilación de presión (PSA) se utiliza en varias aplicaciones. PSA es un proceso rentable con la capacidad de producir biohidrógeno de alta pureza (99.99%) con altas tasas de recuperación. En este artículo, se propone un proceso de PSA para la producción de biohidrógeno; utiliza dos columnas llenas de zeolita tipo 5A y tiene una configuración de cuatro pasos (adsorción, despresurización, purga y represurización) para la producción de biohidrógeno y regeneración de los lechos. El objetivo de este trabajo es diseñar y utilizar un controlador activo tolerante a fallos (FTC) para elevar y mantener una pureza estable de 0.9999 en fracción molar (99.99%), incluso con la ocurrencia de fallos del actuador. Para validar la robustez y el rendimiento del FTC discreto propuesto, se ha comparado con un controlador PID discreto (proporcional-integral-derivativo) en presencia de fallos del actuador y cambios de trayectoria. Ambos controladores logran mantener una pureza estable al reducir el efecto de los fallos; sin embargo, el controlador PID discreto no es robusto ante múltiples fallos, ya que la pureza deseada se pierde y no cumple con los estándares internacionales para ser utilizado como biocombustible. Por otro lado, el esquema FTC reduce los efectos de fallos individuales y múltiples al esforzarse por mantener una pureza de 0.9999 en fracción molar y cumplir con los estándares internacionales para ser utilizado como biocombustible.