La elección de las artes de muestreo para evaluar las comunidades de macroinvertebrados bentónicos depende de las características ambientales, los objetivos del estudio y la rentabilidad. Debido a la alta capacidad de alimentación y a la diversidad de hábitats y comportamientos de los peces bentófagos, su contenido estomacal puede ser una herramienta útil para el estudio de macroinvertebrados bentónicos, especialmente en ríos grandes, profundos y rápidos, difíciles de muestrear con las artes tradicionales de muestreo de sedimentos. Nuestro objetivo fue comparar las comunidades de macroinvertebrados bentónicos muestreadas en sedimentos con las muestreadas en estómagos de peces. Recolectamos macroinvertebrados bentónicos y peces de tres tipos de hábitat diferentes (remanso, playa, rápidos) durante la temporada de lluvias, la temporada de sequía y la temporada seca a lo largo de un solo tramo del río Grande (cuenca del río Paraná, sureste de Brasil). Muestreamos los sedimentos con una draga Petersen (216 pinzas) y utilizamos redes de enmalle para muestrear peces (36 muestras). Analizamos el contenido estomacal de tres especies comunes de peces bentófagos (Eigenmannia virescens, Iheringichthys labrosus y Leporinus amblyrhynchus). Los quironómidos predominaron en ambos métodos de muestreo. La composición taxonómica y la abundancia de macroinvertebrados en los estómagos de los peces difirieron de las de las muestras de sedimentos, pero en menor medida en los rápidos que en los hábitats de remansos y playas. Los taxones de macroinvertebrados de los estómagos de E. virescens se correlacionaron más fuertemente con las muestras de sedimentos de los tres hábitats que con los de las otras dos especies. Las curvas de acumulación de especies y los mayores valores de dispersión media, en comparación con las muestras de sedimentos, sugieren que E. virescens es más eficiente que las muestras de sedimentos y los otros peces estudiados en la recolección de taxones bentónicos. Concluimos que, mediante el análisis del contenido estomacal de los peces bentófagos, es posible evaluar características importantes de las comunidades bentónicas (dispersión, composición taxonómica y diversidad). Esto es especialmente cierto en estudios que solo muestrean conjuntos de peces para evaluar los impactos en los ecosistemas acuáticos. Por lo tanto, este enfoque puede ser útil para ampliar las evaluaciones del impacto humano e incorporar bioindicadores adicionales.