Se cultivaron doce variedades de L. spp. con grano pigmentado, a saber, una roja, seis moradas, tres azules y dos negras, en campos abiertos durante dos años consecutivos y se evaluaron para investigar su riesgo de acumulación de múltiples micotoxinas relacionadas. Se cuantificaron el deoxinivalenol (DON) y sus formas modificadas DON3Glc, 3Ac-DON, 15Ac-DON, y T-2, HT-2, ZEN y Enniatina B mediante UHPLC-MS/MS, junto con 14 diferentes glicosidos de cianidina, petunidina, delphinidina, pelargonidina, peonidina y malvidina. Se notó un efecto significativo de influencia fuerte del año de cosecha (p = 0.0002) en el contenido de DON, que se más que duplicó entre las temporadas de cosecha (media de 3746 ug kg vs. 1463 ug kg). Además, surgió una influencia notable de las variedades con diferente color de grano en el contenido de DON (p < 0.0001) en combinación con el año de cosecha (año x color, p = 0.0091), siendo los granos azules los más contaminados (media de 5352 ug kg) y los granos rojos los menos contaminados (media de 715 ug kg). La tendencia se mantuvo entre los dos años de cosecha a pesar del contenido absoluto de micotoxinas altamente variable. Las variedades que acumulaban antocianinas en el pericarpio (coloración morada) tenían un contenido de DON significativamente más bajo en comparación con aquellas en las que estaba involucrada la aleurona (coloración azul).