Los sitios portuarios representan una de las áreas costeras más impactadas; este impacto se debe a presiones antropogénicas intensivas. Además del complejo portuario en sí, actividades asociadas, como la disposición indiscriminada de contaminantes, incluidos metales traza, afectan al ecosistema local. Las comunidades bentónicas de macroinvertebrados son uno de los bioindicadores más efectivos de la salud ambiental debido a su importancia como fuente de alimento primaria para muchos peces, aves y mamíferos, así como por su influencia en la estabilidad del sedimento y la composición geoquímica. Este artículo evalúa la macrofauna bentónica en el Sistema Estuarino de Santos (SES), la ubicación del Complejo Portuario de Santos (SPC), vinculando los niveles de metales traza con diferencias en la estructura de la comunidad microbentónica y la biodisponibilidad de contaminantes. La distribución de Cd, Ni y Pb estuvo directamente relacionada con los depósitos de materia orgánica, mientras que Cu y Zn parecían ser el resultado de las actividades portuarias. El SES contenía una comunidad bentónica de macroinvertebrados pobre, resultado de los sedimentos fangosos contaminados. Se encontró una correlación negativa significativa entre la diversidad macrobentónica y las concentraciones de Cu en la fase soluble; esto implicaba la degradación inducida por la contaminación de los macrobentos en el SES.