El expulsor de soja (SBE), un subproducto de la extracción de aceite de soja a través del proceso de extrusión-extracción, se utiliza ampliamente como fuente de proteínas en piensos para animales y alimentos a base de soja. Este estudio evaluó la contaminación fúngica y los niveles de micotoxinas en muestras de SBE de 11 instalaciones de extrusión-extracción en Argentina, evaluando la carga fúngica, el contenido de humedad (MC) y los perfiles de micotoxinas. La biota fúngica se cuantificó mediante recuentos de unidades formadoras de colonias (UFC) e identificada mediante análisis morfológico, mientras que las micotoxinas se cuantificaron mediante cromatografía líquida y espectrometría de masas en tándem. Los recuentos de UFC fueron bajos (0 a 4 UFC g DM), con spp. (28,0%) y (familia) (25,6%) siendo los géneros más frecuentemente aislados. Se detectaron deoxinivalenol (DON) y aflatoxinas (AFB, AFB, AFG y AFG) en el 20% al 40% de las muestras. La concentración promedio fue de 215,19 ug kg para DON y 41,68, 0,39 y 0,34 ug kg para AFB, AFG y AFG, respectivamente. Aunque la mayoría de las concentraciones de micotoxinas estaban por debajo de los límites reglamentarios, algunas muestras superaron el umbral para DON (8,6%) y AFB (2,9%). Se observó la co-ocurrencia de dos micotoxinas en el 60% de las muestras. Estos resultados resaltan la importancia de monitorear la contaminación fúngica y los niveles de micotoxinas para garantizar la seguridad y calidad del SBE para aplicaciones en piensos y alimentos.