Los medicamentos antivirales (AV) son la principal línea de defensa contra la influenza pandémica. Sin embargo, se aplican diferentes políticas de administración en países con diferentes reservas de medicamentos AV. Estas políticas conducen a diferentes ocurrencias de metabolitos de medicamentos en el medio acuático, alterando el comportamiento animal con consecuencias evolutivas en los virus. El objetivo de este estudio fue investigar el posible impacto de la contaminación ambiental por antivirales humanos, como el carboxilato de oseltamivir (OC), en la tasa evolutiva de la influenza aviar. Utilizamos segmentos virales de NA, HA, NP y MP de dos grupos de países vecinos que comparten rutas migratorias de aves silvestres y caracterizados por diferentes reservas de AV. Se realizaron análisis BEAST utilizando el modelo evolutivo de reloj lognormal no correlacionado y el modelo de árbol previo de la línea de tiempo bayesiana. Se consideraron las proporciones entre la tasa de evolución del gen NA y los segmentos HA, NP y MP. Los dos grupos de países se compararon analizando las diferencias en las distribuciones de proporciones. Nuestros análisis destacaron un posible comportamiento diferente en la evolución de las cepas virales del clado H5N1 2.3 cuando está presente la contaminación ambiental por OC. En conclusión, el consumo generalizado de antivirales y su presencia en aguas residuales podrían influir en la presión selectiva sobre los virus.