El begomovirus se ha convertido en una amenaza potencial para el sector agrícola. Causa pérdidas significativas en varios cultivos de importancia económica. Dada esta considerable pérdida, se necesita el desarrollo de herramientas para estudiar los genomas virales y su función. Los enfoques y aplicaciones de clones infecciosos han permitido la explotación directa de los genomas virales. Los clones infecciosos de virus de ADN son el instrumento crítico para la caracterización funcional del virus notable y recién descubierto. La comprensión de la estructura y composición de los virus ha contribuido a la evolución de la patología molecular de las plantas. Por lo tanto, esta revisión proporciona amplias directrices sobre la estrategia para construir clones infecciosos. Además, se discutirán los impactos y beneficios de esta técnica en el control y comprensión de la infección.