Los Clústeres Microsinténicos Revelan la Conservación de lncRNAs en Cordados a Pesar de la Ausencia de Conservación de Secuencia
Autores: Herrera-Úbeda, Carlos; Marín-Barba, Marta; Navas-Pérez, Enrique; Gravemeyer, Jan; Albuixech-Crespo, Beatriz; Wheeler, Grant N.; Garcia-Fernàndez, Jordi
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2019
Acceso abierto
Artículo científico
2019
Los Clústeres Microsinténicos Revelan la Conservación de lncRNAs en Cordados a Pesar de la Ausencia de Conservación de Secuencia
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Homólogos
LncARNs
LincOFinder
Análisis de microsintenia
Anfioxo
Clúster Hox
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 13
Citaciones: Sin citaciones
Los ARN largos no codificantes homólogos (lncARN) son difíciles de identificar por similitud de secuencia debido a su rápida tasa de evolución. Aquí desarrollamos LincOFinder, un pipeline que encuentra lncARN intergénicos conservados (lincARN) entre especies distantes relacionadas mediante análisis de microsintenia. Usando esta herramienta, hemos identificado 16 lincARN homólogos auténticos entre los genomas de anfioxo y humano. Caracterizamos y comparamos en anfioxo el dominio de expresión de uno de ellos, ubicado en la parte anterior del clúster Hox. Además, analizamos la función de este lincARN, mostrando que su interrupción produce un fenotipo severo sin cabeza, probablemente al interferir con la regulación del clúster Hox. Nuestros resultados sugieren fuertemente que este lincARN probablemente ha estado regulando el clúster Hox desde el temprano origen de los cordados. Nuestro trabajo pionero en el uso de búsquedas sinténicas para identificar genes no codificantes a lo largo de largas distancias evolutivas ayuda a comprender mejor la evolución de los lncARN.
Descripción
Los ARN largos no codificantes homólogos (lncARN) son difíciles de identificar por similitud de secuencia debido a su rápida tasa de evolución. Aquí desarrollamos LincOFinder, un pipeline que encuentra lncARN intergénicos conservados (lincARN) entre especies distantes relacionadas mediante análisis de microsintenia. Usando esta herramienta, hemos identificado 16 lincARN homólogos auténticos entre los genomas de anfioxo y humano. Caracterizamos y comparamos en anfioxo el dominio de expresión de uno de ellos, ubicado en la parte anterior del clúster Hox. Además, analizamos la función de este lincARN, mostrando que su interrupción produce un fenotipo severo sin cabeza, probablemente al interferir con la regulación del clúster Hox. Nuestros resultados sugieren fuertemente que este lincARN probablemente ha estado regulando el clúster Hox desde el temprano origen de los cordados. Nuestro trabajo pionero en el uso de búsquedas sinténicas para identificar genes no codificantes a lo largo de largas distancias evolutivas ayuda a comprender mejor la evolución de los lncARN.