El género abarca un grupo de cultivos económicamente importantes y estrechamente relacionados, que comparten un genoma esencialmente común y, por lo tanto, un alto nivel de loci de microsatélites (SSR) conservados y transferibles. En el sur de Italia, muchas de las variedades locales y/o descuidadas están abandonadas y en riesgo de extinción debido al alto grado de urbanización e intensificación agrícola, a pesar de su valor como recursos genéticos para la mejora de cultivos. Esta investigación tuvo como objetivo caracterizar genéticamente y morfológicamente los germoplasmas de albaricoque y durazno tradicionales recolectados en viejos huertos familiares. Se puntuaron la mayoría de las categorías de descriptores oficiales, revelando así un nivel bastante alto de variación fenotípica en ambas colecciones. Los datos genéticos permitieron descubrir una diversidad enmascarada por rasgos morfológicos. La genotipificación en 15 y 18 SSR, ocho de los cuales eran transferibles entre ambas especies, mostró una informatibilidad polimórfica promedio (PIC) de 0.44 y 0.59 para albaricoque y durazno, respectivamente, y un total de 70 y 144 alelos. Se logró una identificación confiable de cada genotipo, y se resolvió la presencia de posibles etiquetados erróneos y/o denominaciones incorrectas. Estos resultados son alentadores para la valorización del germoplasma italiano aún poco explorado, con consecuencias económicas significativas para la conservación y gestión de los recursos biológicos.