Los híbridos entre el cocodrilo siamés, en peligro crítico de extinción, y el cocodrilo de agua salada, de menor preocupación, en poblaciones en cautiverio representan un desafío serio para los programas de conservación y reintroducción debido al impacto de las actividades antropogénicas. Un estudio previo utilizó datos de microsatélites y ADN mitocondrial para establecer los criterios para identificar especies y sus híbridos; sin embargo, los resultados pueden haber sido influenciados por frecuencias alélicas sesgadas y deriva genética dentro de la población examinada. Para superar estas limitaciones e identificar las verdaderas señales de selección, se deberían emplear marcadores de ADN alternativos y un conjunto diverso de poblaciones. Por lo tanto, este estudio utilizó secuenciación DArT para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en todo el genoma de ambas especies y confirmar el escenario genético de las especies parentales y sus híbridos. Se utilizó una población de cocodrilos de agua salada de Australia para comparar la distribución de SNPs diagnósticos de especies. Se compararon diferentes enfoques analíticos para diagnosticar el nivel de hibridación cuando había una mezcla presente, en la que tres individuos tenían un posible retrocruzamiento. Aproximadamente el 17.00-26.00% de los loci se conservaron entre los genomas del cocodrilo siamés y del cocodrilo de agua salada. Se identificaron loci SNP diagnósticos de especies para cocodrilos siamés y de agua salada como 8051 loci y 1288 loci, respectivamente. Para validar los loci SNP diagnósticos de especies, se utilizó un enfoque basado en PCR seleccionando 20 loci SNP para el diseño de cebadores de PCR, entre los cuales 3 loci pudieron diferenciar con éxito las especies reales y los diferentes niveles de hibridación. La información genética mitocondrial y nuclear, incluyendo la genotipificación de microsatélites y marcadores de ADN diagnósticos de especies, se combinaron como un método novedoso que puede compensar las limitaciones de cada método. Este método permite la priorización de la conservación antes de la liberación en la naturaleza, asegurando así la integridad genética sostenible para la supervivencia a largo plazo de las especies a través de programas de reintroducción y manejo.