Las infecciones microbianas de las plantas de cultivo representan una amenaza continua para la producción agrícola. Sin embargo, en los últimos años, hemos desarrollado una comprensión más matizada del papel ecológico de los microbios y de cómo interactúan con las plantas. Esto incluye una apreciación de la influencia de la fisiología de los cultivos y las condiciones ambientales en la expresión de los síntomas de la enfermedad, la importancia de los microbios no patógenos en las plantas huésped y los patógenos, y la capacidad de las plantas para actuar como huéspedes de patógenos humanos. Junto con esto, ahora contamos con una variedad de herramientas disponibles para la identificación y cuantificación de infecciones microbianas en cultivos cultivados en condiciones de campo. Esta revisión resume algunas de las consecuencias de las infecciones microbianas en las plantas de cultivo y discute cómo las nuevas y establecidas herramientas de evaluación pueden ser utilizadas para comprender estos procesos. Desafía nuestras suposiciones actuales en las relaciones de pérdida de rendimiento y ofrece una comprensión del potencial de cultivos más resilientes.