El cártamo (L.) es un cultivo menor de múltiples usos consumido por naciones desarrolladas y en desarrollo en todo el mundo, con financiación de investigación y recursos genéticos limitados. La selección genómica (SG) es una herramienta moderna de cría efectiva que puede ayudar a acelerar la diversidad genética preservada en colecciones de bancos de genes para facilitar la mejora rápida y eficiente del germoplasma y el desarrollo de variedades. En el presente estudio, simulamos cuatro estrategias de SG para comparar las ganancias genéticas y la endogamia durante los ciclos de cría en un programa de selección recurrente de cártamo enfocado en el rendimiento de grano (RG) y el contenido de aceite de semilla (CA). Observamos ganancias genéticas positivas a lo largo de los ciclos en las cuatro estrategias de SG, donde el primer ciclo proporcionó la mayor ganancia genética. Las estrategias de SG de un solo rasgo tuvieron la mayor ganancia para el rasgo objetivo, pero tuvieron una mejora genética muy limitada para el otro rasgo. La selección simultánea para RG y CA a través de índices indicó mayores ganancias para ambos rasgos que el cruce entre las dos estrategias de eliminación independiente de un solo rasgo. La estrategia de SG de múltiples rasgos con control de relación de apareamiento (SG_RG + CA + Rel) resultó en un coeficiente de endogamia más bajo pero una ganancia similar en comparación con la estrategia SG_RG + CA (sin control de endogamia) después de algunos ciclos. Nuestros hallazgos sientan las bases para la futura cría de cártamo mediante SG.