La Patagonia chilena cuenta con numerosos tipos de ecosistemas acuáticos continentales, como lagos, lagunas, humedales y ríos, que han sido poco estudiados debido a dificultades de acceso. Este estudio se realizó en la región de Aysén, en el sur de Chile, e incluyó diferentes tipos de cuerpos de agua, como ríos, arroyos, lagunas, lagunas y lagos, distribuidos a lo largo de un gradiente altitudinal a 46° S. Se encontró un bajo número de especies, principalmente cladóceros, copépodos y anfípodos. Se aplicó un modelo nulo para determinar la existencia de factores reguladores de las asociaciones de especies, y los resultados revelaron que no son aleatorios. Los patrones estarían influenciados por las características geográficas y limnológicas de los sitios estudiados. Nuestros resultados concuerdan con estudios regionales sobre heterogeneidad del hábitat, como los realizados en el Parque Nacional Torres del Paine y otras zonas de la isla de Tierra del Fuego.