(1) Antecedentes: Los líquenes, como una parte importante del ecosistema terrestre, atraen la atención de diversas disciplinas de investigación. Para elucidar su ultrastructura, la microscopía electrónica de transmisión de muestras embebidas en resina es indispensable. Dado que la mayoría de las observaciones de muestras de líquenes se generan a través de la fijación química y el procesamiento a temperatura ambiente, carecen de la inmovilización rápida de procesos vivos y son propensas a artefactos de preparación. Para mejorar su preservación, se probó el crioprocesamiento en el pasado, pero nunca se implementó ampliamente, no menos por un protocolo extremadamente largo. (2) Métodos: Aquí, introducimos un protocolo acelerado de sustitución por congelación automatizado con agitación continua. Usando el ejemplo de tres especies de líquenes, demostramos la preservación del estado nativo de los fotobiontes algales y los micobiontes en asociación con su matriz extracelular. (3) Resultados: Llamamos la atención sobre la extensión y la variabilidad estructural de las hifas, la matriz extracelular y numerosos metabolitos cristalizados. Nuestros hallazgos alentará estudios sobre los procesos de transformación relacionados con la compartimentación de los talos de líquenes. Incluyen aspectos criopreservados de los fotobiontes algales y observaciones de posible relevancia fisiológica, como la disposición de numerosas mitocondrias dentro de los bolsillos de cloroplastos. (4) Conclusiones: En resumen, presentamos la sustitución por congelación acelerada como una herramienta muy útil para estudios sistemáticos de las ultrastructuras de los líquenes.