El impacto del cambio climático global ha resaltado la necesidad de una mejor comprensión de cómo las plantas responden a múltiples estrés simultáneos o secuenciales, no solo para obtener un conocimiento fundamental sobre cómo las plantas integran señales y montan una respuesta coordinada a los estrés, sino también para aplicaciones que mejoren la resiliencia de los cultivos a los estrés ambientales. En los últimos años, ha habido un mayor énfasis en entender cómo las plantas integran los estrés y los mecanismos moleculares subyacentes al diálogo entre las vías de señalización y los programas transcripcionales que sustentan las respuestas de las plantas a múltiples estrés. La combinación de inundaciones (o el estrés hipóxico resultante) con la infección por patógenos es particularmente relevante debido a la frecuente co-ocurrencia de ambos estrés en la naturaleza. Esta revisión se centra en (i) enfoques experimentales y desafíos asociados con el estudio de la inundación/hipoxia combinada y secuencial y la infección por patógenos, (ii) cómo la inundación (o el estrés hipóxico resultante) influye en la inmunidad de las plantas y las respuestas de defensa a los patógenos, y (iii) cómo la inundación contribuye a dar forma al microbioma del suelo y está vinculada a la capacidad de las plantas para combatir la infección por patógenos.