Las investigaciones sobre la estructuración de poblaciones en especies silvestres son fundamentales para completar el panorama general que define sus roles ecológicos y biológicos en el ámbito marino, para estimar su capacidad de recuperación ante la perturbación humana e implementar estrategias de gestión más eficientes para los recursos pesqueros. El besugo manchado (Brünnich 1768) es un pez de aguas profundas de gran valor comercial que ha sido altamente explotado en las últimas décadas. Considerando su estado de explotación, profundizar en el conocimiento de la variabilidad intraespecífica, la diversidad genética y la diferenciación utilizando marcadores moleculares de alto rendimiento se considera un paso importante para una evaluación de stock y gestión pesquera más efectiva. Con uno de los mayores esfuerzos concebidos y completados por países que bordean las costas atlántica y mediterránea en los últimos años, se recolectaron un total de 320 individuos de diferentes caladeros en el mar Mediterráneo y el océano Atlántico y se analizaron utilizando 29 loci de microsatélites. Aplicamos múltiples enfoques estadísticos para investigar la conectividad y la estructura poblacional de la especie en la mayor parte de su área de distribución descrita. Considerando el conocimiento incompleto sobre el comportamiento migratorio de los adultos, aquí sugerimos la importancia de la dispersión de huevos y larvas para mantener la conectividad genética observada en una escala geográfica tan amplia.