(1) Antecedentes: La localización precisa de la zona epileptogénica y la comprensión de las alteraciones de la conectividad funcional (CF) relacionadas son críticas para la predicción del pronóstico clínico en pacientes con epilepsia del lóbulo temporal (ELT). Nuestro objetivo es localizar la región hipometabólica en pacientes con ELT, comparar las diferencias en las alteraciones de la CF basadas en la región hipometabólica y la lesión estructural, respectivamente, y explorar sus relaciones con el pronóstico clínico. (2) Métodos: Se reclutaron treinta y dos pacientes con ELT y 26 controles. Los pacientes se sometieron a una exploración PET/MR con F-FDG, tratamiento quirúrgico y un seguimiento de 2-3 años. Se realizaron evaluaciones visuales y análisis voxel por voxel para identificar regiones hipometabólicas. Se realizaron análisis de CF basados en ROI. Las relaciones entre el pronóstico clínico y los valores de CF se realizaron utilizando análisis de correlación de Pearson y análisis de la curva característica operativa del receptor (ROC). (3) Resultados: Se encontraron regiones hipometabólicas en pacientes con ELT en el hipocampo ipsilateral, el giro parahipocampal y el lóbulo temporal (< 0.001). Las alteraciones funcionales basadas en regiones hipometabólicas mostraron una reducción más extensa de la CF en todo el cerebro. Los valores de CF de estas regiones se correlacionaron negativamente con la duración de la epilepsia (< 0.05), y la curva ROC de ellas mostró una precisión significativa en la predicción del resultado postquirúrgico. (4) Conclusiones: En pacientes con ELT, la CF relacionada con la región hipometabólica obtenida por PET/fMRI puede proporcionar valor en la predicción de la progresión de la enfermedad y el resultado libre de convulsiones.