La dieta de las vacas lecheras influye en los perfiles de ácidos grasos (AG) de su leche y queso, pero se desconoce cómo estos se ven afectados por diferentes condiciones durante el confinamiento en un sistema mixto (MS: pastoreo + ración total mezclada: TMR). El objetivo de este estudio fue comparar los AG de la leche y el queso del MS en establos con cama de compost (CB-GRZ) frente a un corral al aire libre con cama de suelo (OD-GRZ) durante el confinamiento, y con un sistema de confinamiento (100% TMR) en establos con cama de compost (CB-TMR). Se recolectaron muestras individuales de leche (= 12 vacas/grupo), queso y muestras de leche agrupada (MilkP). Los porcentajes de AG saturados en la leche y la relación omega 6/omega 3 en el MilkP y el queso fueron mayores para el CB-TMR (< 0.0001), mientras que los porcentajes de AG insaturados y monoinsaturados en la leche fueron menores para el CB-TMR que para el MS (< 0.001). Los porcentajes de n-3, C18:3 y ácido linoleico conjugado en la leche fueron menores para el CB-TMR que para el MS (< 0.001). Los n-3 y C18:3 de la leche fueron mayores para el CB-GRZ que para el OD-GRZ (< 0.01), pero no se observaron diferencias entre el MS en el MilkP y el queso. En conclusión, las vacas CB-GRZ durante el confinamiento produjeron leche de mejor calidad en comparación con las vacas OD-GRZ. Sin embargo, los perfiles de AG de la leche, MilkP y queso se vieron afectados en mayor medida por la gestión de la alimentación que por las condiciones durante el confinamiento.