Los antimicrobianos se encuentran entre los fármacos más utilizados y se han convertido en una clase de contaminantes de gran importancia ambiental. El metronidazol es un antimicrobiano utilizado para el tratamiento terapéutico de diversas enfermedades humanas. La toxicidad de los antimicrobianos en especies acuáticas puede afectar a microorganismos sensibles y reducir los procesos metabólicos. Las cianobacterias son un grupo de organismos de gran importancia ecológica en ambientes acuáticos. Estudios indican que las cianobacterias son muy sensibles a algunos antimicrobianos. Por lo tanto, es necesario evaluar los efectos de la contaminación por metronidazol en el fitoplancton. El objetivo de este estudio fue investigar los efectos del metronidazol en el crecimiento de la cianobacteria Microcystis protocystis y evaluar la estabilidad de este agente antimicrobiano en el medio de cultivo durante un período de 96 horas. M. protocystis fue resistente a la inhibición del crecimiento por metronidazol. La CE50 de este antimicrobiano para M. protocystis fue de 117,3 mg L–1. En las condiciones de la prueba de inhibición del crecimiento, no se observó un cambio significativo en la concentración de MNZ ni la presencia de metabolitos del fármaco ni de productos de degradación. Estos resultados indican una baja captación celular del agente antimicrobiano y su persistencia en el medio de cultivo.