Actualmente, la UE se está enfocando en una agrotecnología menos intensiva y en el desarrollo sostenible. Es importante minimizar la presencia de micotoxinas en los alimentos y monitorear la concentración de micotoxinas en la cadena alimentaria. Por lo tanto, este estudio evaluó la contaminación por micotoxinas, específicamente los tricotecenos tipo A y B y la concentración de ergosterol, en el grano de trigo de un experimento de campo de tres años (2019-2021) realizado en IUNG-PIB en Osiny (Polonia), junto con sus subproductos (salvado, harina, pan). Cuatro cultivares de trigo se cultivaron bajo diferentes sistemas de cultivo: orgánico (ORG), integrado (INT) y convencional (CONV). El ergosterol se analizó utilizando HPLC con un detector de absorbancia, mientras que los tricotecenos tipo A y B se analizaron utilizando cromatografía de gases y espectrometría de masas. Los resultados mostraron que el sistema de cultivo influyó significativamente en la concentración de tricotecenos tipo B en el grano, con la concentración más alta establecida en el trigo cultivado en ORG. Sin embargo, la concentración de grano del sistema de cultivo INT fue comparable a la del CONV. Las concentraciones de tricotecenos tipo A fueron bajas y no se vieron afectadas significativamente por el sistema de cultivo. El salvado exhibió la concentración más alta de ergosterol y micotoxinas, mientras que la harina y el pan exhibieron la más baja.