Este estudio tuvo como objetivo investigar el efecto de la edad y la genética en la microbiota fecal de los terneros de carne. Se recolectaron muestras fecales de diez terneros Nellore puros y diez terneros cruzados 50% Nellore-50% de raza europea que convivían en el mismo potrero en los días cinco (5 d), 14 d, 28 d, 60 d, 90 d, 180 d, 245 d (destete) y 260 d después del nacimiento. Todos los terneros se mantuvieron con sus madres, y seis vacas Nellore también fueron muestreadas en el destete. El análisis de la microbiota se llevó a cabo mediante la amplificación de la región V4 del gen 16S rRNA siguiendo la secuenciación de alto rendimiento con una plataforma MiSeq Illumina. Los resultados revelaron que la riqueza bacteriana aumentó con la edad y se volvió más similar a la de los adultos cerca del destete. Se encontraron diferencias en la membresía de la microbiota entre razas a los 60 d y 90 d y en la estructura a los 60 d, 90 d, 245 d y 260 d (< 0.05). Además, los terneros cruzados presentaron menos variabilidad en su microbiota. En conclusión, la composición genética impactó significativamente en la microbiota del intestino distal de los terneros que convivían en el mismo entorno, y estudios adicionales que investiguen la ingesta de alimentos pueden revelar posibles asociaciones entre la composición de la microbiota y el rendimiento.