Entender la dinámica de las comunidades fúngicas intestinales aviares y las especies potencialmente patógenas a través de diferentes estaciones es crucial para evaluar su salud e interacciones ecológicas. En este estudio, se empleó secuenciación de alto rendimiento para examinar los cambios en las comunidades fúngicas intestinales y la presencia de patógenos potenciales entre diferentes estaciones en patos de Baikal y patos comunes en cautiverio. Entre las estaciones de verano y otoño, ambas especies de patos mostraron diferencias significativas en la diversidad fúngica y la composición de la comunidad. Se observó una mayor diversidad fúngica en ambas especies en verano que en otoño. Ascomycota y Basidiomycota fueron los dos filos más comunes, con una mayor proporción de Ascomycota que de Basidiomycota en ambas especies de patos en verano. Curiosamente, nuestro estudio también identificó patógenos animales y saprófitos de plantas en las comunidades fúngicas intestinales. La variación estacional tuvo un efecto en la diversidad y abundancia tanto de patógenos animales como de saprófitos. Específicamente, durante la temporada de verano, la diversidad y la abundancia relativa fueron mayores en comparación con la temporada de otoño. Además, hubo diferencias entre las especies de patos en términos de patógenos animales, mientras que no se observaron diferencias significativas en saprófitos. En general, se encontró que las comunidades de hongos intestinales, patógenos animales y saprófitos estaban influenciadas por cambios estacionales en lugar de por la genética del hospedador. Por lo tanto, las variaciones estacionales podrían dominar sobre la genética del hospedador en la conformación de la microbiota intestinal de los patos de Baikal y los patos comunes en cautiverio. Este estudio subraya la importancia de incorporar una comprensión de la dinámica estacional y los patógenos potenciales dentro de la microbiota intestinal de los patos en cautiverio. Tales consideraciones tienen el potencial de impulsar el progreso en el desarrollo de prácticas agrícolas sostenibles y económicamente viables.