Las comunidades faunísticas de charcas efímeras del sur de Chile se caracterizan por la heterogeneidad de taxones de crustáceos; sin embargo, no existen estudios detallados de su estructura comunitaria. El objetivo del presente estudio fue analizar la estructura de la comunidad de crustáceos en dos grupos de charcas efímeras (Puaucho y Nigue) en la zona costera de la Araucanía. Se elaboró una matriz de correlación de la abundancia de especies con respecto a la temperatura, la conductividad, el pH y los sólidos disueltos totales. En un segundo paso, se aplicó un modelo nulo de coocurrencia de especies a los datos totales y a cada grupo. Los resultados para los datos totales revelaron una relación directa significativa entre la abundancia de H. costera, C. dubia y Mesocyclops. Para las charcas de Puaucho, se encontraron los mismos resultados, junto con asociaciones directas con los sólidos disueltos totales, la conductividad y el pH. Finalmente, se encontraron resultados diferentes para las charcas de Nigue, sin asociaciones significativas claras, ni directas ni indirectas, entre la abundancia de diferentes taxones de crustáceos y los parámetros abióticos. Estos resultados fueron respaldados por el análisis del modelo nulo de coocurrencia, que reveló la presencia de factores reguladores para los datos totales y para cada uno de los dos grupos. Se discuten temas ecológicos, con énfasis en la dinámica de las metacomunidades.