El tejido esponjoso del fruto del durazno causa áreas secas, porosas y marrones en la pulpa, comprometiendo severamente la calidad del fruto y su valor en el mercado. Mientras que las propiedades del suelo y la nutrición de calcio han sido vinculadas al trastorno, el papel de las comunidades microbianas de la rizosfera en la resistencia al trastorno sigue siendo poco claro. Este estudio investigó tanto las propiedades fisicoquímicas como los microbiomas asociados a las raíces de huertos de durazno desordenados (CK) y saludables (TT) para explorar los mecanismos microbianos subyacentes a la supresión del trastorno. Los suelos TT exhibieron un pH más alto, mayor materia orgánica, mayor calcio intercambiable y elementos traza más equilibrados en comparación con CK. El análisis microbiano reveló una diversidad significativamente mayor y un enriquecimiento de taxones beneficiosos en TT asociados al crecimiento de las plantas y la resistencia al trastorno. La predicción de genes funcionales mostró que TT estaba enriquecido en la producción de sideróforos, la biosíntesis de auxinas, la solubilización de fosfato y las vías de síntesis de acetoina-butanodiol. El análisis de redes de co-ocurrencia demostró que TT albergaba una estructura de comunidad microbiana más compleja y cooperativa, con 274 nodos y 6013 enlaces. La agrupación metagenómica recuperó genomas metabólicamente significativos que codificaban diversos rasgos de resistencia y promoción del crecimiento, enfatizando los roles ecológicos de , , , , y . Estos hallazgos resaltan la importancia combinada de la química del suelo y la estructura del microbioma en la supresión del trastorno y proporcionan una base para el manejo del suelo informado por el microbioma para mejorar la calidad de la fruta y promover prácticas sostenibles en los huertos.