La fauna acuática de macroinvertebrados es un componente relevante de los ecosistemas acuáticos continentales límnicos, desempeñando un papel importante en diversos procesos con biocomplejidad relevante. El presente estudio caracterizó la fauna bentónica de macroinvertebrados presente en tres cuerpos hídricos de la cuenca hidrográfica del río Sinos en cuanto a su estructura comunitaria. Se recolectaron muestras de enero a diciembre de 2013 en tres localidades de la cuenca: la ciudad de Caraá (29°45’45.5”S/50°19’37.3”O), la ciudad de Rolante (29°38’34.4”S/50°32’33.2”O) y la ciudad de Igrejinha (29°36’10.84”S/50°48’49.3”O). Se registraron los componentes abióticos (pH, oxígeno disuelto y temperatura) y las muestras recolectadas se identificaron hasta el tipo de familia. El pH, el oxígeno disuelto y la temperatura promedio anuales fueron similares en todas las localidades. Se recolectó un total de 26,170 muestras. La clase Insecta (Artrópodos) representó el 85.5% del total de la muestra. También se registraron muestras de platelmintos, moluscos y anélidos. Se identificaron 57 familias para la cuenca hidrográfica y los estimadores (Chao-1, Chao-2 y Jackknife 2) estimaron una riqueza que osciló entre 60 y 72 familias.