La eficiencia de transformación de plantas depende en gran medida de la especie, los genotipos individuales y los tipos de tejido. En maíz, los embriones inmaduros se utilizan regularmente para la transformación. El proceso depende en gran medida del desarrollo del callo, ya que está intrínsecamente asociado con la embriogénesis somática y la posterior regeneración de plantas, ambos factores que afectan directamente la eficiencia de transformación. Los embriones inmaduros de la progenie de segregación derivada de los dos padres endogámicos, una línea A188 apta para transformación y una línea B73 recalcitrante, pueden ser cultivados para formar dos tipos principales de callo: Tipo I y Tipo II. El callo Tipo II crece más rápido y es un tipo favorable para la regeneración. Aquí, los callos Tipo I y II de la población F2 B73xA188 fueron genotipados mediante Genotipado por Secuenciación (GBS). El análisis de locus de rasgos cuantitativos (QTL) del tipo de callo identificó QTL en los cromosomas 2, 5, 6, 8 y 9. El resultado fue en gran medida respaldado por el análisis genético de secuenciación de ARN de segregantes masivos (BSR-seq) utilizando ARN de callos Tipo I y II agrupados por separado. Ambos análisis revelaron que un alelo de A188 en el cromosoma 6 y alelos de B73 en los cromosomas 2, 5, 8 y 9 promovieron la formación del callo Tipo II. También se identificaron genes diferencialmente expresados (DEGs) entre los callos F2 Tipo II y I. Además, los callos A188 desarrollados a partir de los mismos embriones inmaduros a menudo exhiben morfología heterogénea, incluidos los sectores de callo de crecimiento rápido y lento. Se realizó la comparación transcripcional entre los dos sectores para identificar DEGs. Ambos conjuntos de DEGs se enriquecieron en genes involucrados en la organización de la pared celular y las vías de biosíntesis de ceras.