La cuenca del río Baixo Mondego ha sido considerablemente modificada por intervenciones humanas para prevenir inundaciones y mejorar las condiciones agrícolas en las últimas décadas. Este trabajo analiza los principales impactos derivados de esas intervenciones y el contexto socioeconómico en el que ocurrieron. Se presenta el desarrollo y la aplicación de un marco para calcular la variación del excedente de nitrógeno entre 1986 y 2018 en la cuenca del Baixo Mondego, en la parte central de Portugal. Los balances de masa de nitrógeno tienen en cuenta diferentes tipos de uso del suelo, entradas y salidas, lo que permite entender cómo las intervenciones humanas han impactado la variación del excedente. Es notable que las principales fuentes de nitrógeno están relacionadas con el sector agrícola. Sin embargo, factores como la implementación del Código de Buenas Prácticas Agrícolas, así como las condiciones sociales y las regulaciones para reducir las emisiones de nitrógeno a la atmósfera, ayudaron a reducir el excedente de nitrógeno. Este trabajo muestra cómo la mejora de las condiciones agrícolas ha servido para aumentar la productividad de los cultivos en las áreas mejoradas. Circunstancias sociales muy particulares llevaron a la reducción de las fuentes de nitrógeno antropogénico, lo que ha estado acompañado de una disminución del nitrógeno que se exporta en la salida del río.