El suelo calcáreo tenía suficiente fósforo y potasio (PK) en diferentes formas debido a los altos contenidos de minerales que contienen PK; sin embargo, el estado de PK disponible se redujo debido a su capacidad de fijación de PK. El compost, junto con microbios de alta capacidad de solubilización de PK, es una solución sostenible para la fertilización bioorgánica de plantas cultivadas en suelo calcáreo. Se llevó a cabo un experimento de campo de 2 años para investigar el efecto del compost (20 t ha) mediante riego por suelo (C-AN) junto con la sustitución parcial de la fertilización con PK en el rendimiento de la quinoa en suelos normales y calcáreos. Los tratamientos incluyeron PK (72 kg PO ha + 60 kg KO ha como tasa convencional), PK+C-AN, PK+C-AN, PK+C-AN, PK+C-AN y solo C-AN en suelos normales y calcáreos. Los resultados mostraron que C-AN y la reducción de la fertilización con PK (hasta 75 o 50%) aumentaron los pigmentos fotosintéticos y promovieron la adquisición de nutrientes en la quinoa cultivada en suelo calcáreo. La reducción de la fertilización con PK al 75 o 50% más C-AN en suelo calcáreo aumentó los osmoprotectores, los antioxidantes no enzimáticos y la actividad de captura de DPPH en las hojas de quinoa en comparación con el tratamiento PK+C-AN. La aplicación integrativa de altos niveles de PK y C-AN mejoró la calidad nutricional de las semillas de quinoa (es decir, lípidos, carbohidratos, contenidos minerales, fenoles totales, flavonoides totales, concentración inhibitoria media y poder antiradical) en suelo calcáreo. Con la reducción de la fertilización con PK (hasta 75 o 50%), la aplicación de compost mediante riego por suelo aumentó el peso seco de la planta en un 38.7 o 53.2%, el peso hectolítrico en un 3.0 o 2.4%, el rendimiento de semillas en un 49.1 o 39.5% y el rendimiento biológico en un 43.4 o 33.6%, respectivamente, en comparación con PK+C-AN en suelo calcáreo. La mayor población de microorganismos solubilizadores de P se encontró en PK+C-AN en suelo calcáreo, mientras que la mayor población de sp. se observó bajo altos niveles de PK + C-AN en suelo normal. Nuestro estudio recomienda que el compost como tratamiento de fertilización bioorgánica puede sustituir parcialmente la fertilización con PK y aumentar la tolerancia de la quinoa al suelo calcáreo afectado por la sal.