El compostaje es una estrategia efectiva para procesar residuos agrícolas y urbanos en formas que pueden ser beneficiosas para los cultivos. Los objetivos de este estudio de campo en un huerto fueron caracterizar cómo un compost de estiércol de vaca y un compost de residuos de alimentos influenciaron: (1) los depósitos de nitrógeno y carbono del suelo, (2) las redes tróficas de bacterias y nematodos del suelo y (3) el crecimiento de los árboles y el nitrógeno foliar. Los efectos de los composts se compararon con parcelas de control fertilizadas y no fertilizadas durante dos años en un huerto de almendros recién plantado. Tanto el compost de estiércol de vaca como el compost de residuos de alimentos aumentaron los depósitos de materia orgánica del suelo, así como los nitratos y amonios del suelo en ciertos momentos. Ambos composts también alteraron distintamente las comunidades bacterianas después de la aplicación, específicamente aquellos grupos con potencial de degradación de carbono, e incrementaron las poblaciones de nematodos bacteriófagos, aunque en diferentes momentos. Se observaron correlaciones únicas entre grupos de nematodos y bacterias dentro de los tratamientos con compost que no estaban presentes en los controles. El compost de residuos de alimentos aumentó los diámetros de tronco en comparación con los controles y tuvo una mayor abundancia relativa de nematodos herbívoros que se alimentan de las puntas de las raíces. Los resultados sugieren que los composts de residuos reciclados contribuyen al ciclo biológico del nitrógeno y pueden aumentar el crecimiento de los árboles, principalmente durante el primer año después de la aplicación.