La roya del café es la enfermedad más dañina para el cultivo de café en todo el mundo. Es causada por un patógeno fúngico, perteneciente al filo Basidiomycota. La roya del café provoca pérdidas significativas de rendimiento y aumenta los costos relacionados con su control, con pérdidas evaluadas de 1-2 mil millones de dólares anualmente. Ataca tanto a las especies de café cultivadas (café Robusta) como al café Arábica. Nuevas razas, o patotipos, emergen constantemente con mayor virulencia, lo que sugiere una evolución rápida del patógeno. Estudios genéticos y genómicos previos han indicado una diversidad de nucleótidos limitada a pesar de una alta diversidad genética y un tamaño de genoma grande estimado en ~800 Mb, con un alto contenido de secuencias repetidas (>74%). A pesar de varios recursos genómicos y la publicación de una secuencia genómica parcial reciente, la diversidad de estas secuencias repetidas y cómo pueden afectar la evolución del genoma de la roya de la hoja no han sido investigadas en detalle. En un intento por caracterizar los elementos transponibles dentro de los genomas, informamos aquí nuevas líneas de retrotransposones de repeticiones terminales largas (LTR), llamadas CO-HUI, Soroa y Baco, que se clasifican en Gypsy, y y Labe y Mapi, que se clasifican como Copia. Los elementos CO-HUI y Soroa representan la mayor parte de todos los elementos transponibles, así como aproximadamente el 37% de las compilaciones genómicas disponibles. Mapi y CO-HUI son las principales familias expresadas en los datos de RNA-seq. Aunque Soroa es la línea que muestra más inserciones en exones y genes, Mapi parece estar más frecuentemente involucrada en la coexpresión con genes. Todas estas nuevas familias también están presentes en los Pucciniales, lo que sugiere que participan dinámicamente en la evolución de su genoma.