Para mejorar los cultivos, es importante asegurar el material fuente genético de las plantas y evaluar la diversidad genética. El ginseng (C.A. Meyer) ha sido utilizado durante mucho tiempo como hierba medicinal en Corea y China. Dado que el ginseng se originó a partir del ginseng silvestre con baja diversidad genética, también se espera que tenga baja diversidad genética. En este estudio, se analizó la diversidad genética de 451 accesiones de ginseng conservadas en el Centro Nacional de Agrobiodiversidad (NAC) de Corea utilizando 33 marcadores SSR. Otro objetivo era establecer una estrategia para que el NAC gestione el germoplasma de ginseng basándose en estos resultados. Las 451 accesiones fueron recolectadas de 22 ciudades en seis provincias de Corea del Sur. Entre las 451 accesiones de ginseng, 390 (86.5%) y 61 (13.5%) eran variedades locales y líneas de cría, respectivamente. En los resultados de STRUCTURE para las accesiones, no hubo relación entre los genotipos asignados y las áreas de recolección, pero sí una estructura genética de la población. Además, la diferenciación genética dentro de las poblaciones de cada análisis fue baja, lo que indica que las accesiones de ginseng conservadas en el NAC están ampliamente dispersas en las áreas de recolección. Los resultados de este estudio sugieren que el NAC debería aumentar la diversidad genética de las accesiones de ginseng para los programas de cría, y se necesitan alternativas para asegurar los recursos genéticos de ginseng.