Los murciélagos son ampliamente reconocidos como reservorios de diversos patógenos bacterianos con importantes implicaciones para la salud humana. Los recientes brotes de enfermedades zoonóticas han intensificado el interés en los microbiomas de los murciélagos, con el uso cada vez mayor de la secuenciación de alto rendimiento para evaluar la diversidad microbiana. En este artículo, revisamos la literatura de los últimos cinco años sobre especies bacterianas asociadas con los murciélagos y su posible relevancia clínica. Utilizando búsquedas automatizadas y filtrado manual, extraímos datos de 47 estudios revisados por pares. La mayor parte de la investigación se ha centrado en muestras de guano, aunque el interés en los microbiomas de la piel está en aumento, particularmente en relación con Pseudogymnoascus destructans, el agente del síndrome de la nariz blanca. China lidera en el número de publicaciones, seguida por Estados Unidos, y la secuenciación de amplicones sigue siendo el método metagenómico predominante. A través de los estudios, se informaron 4700 especies bacterianas, incluyendo varios patógenos humanos conocidos capaces de transmisión por aerosol o infecciones oportunistas en individuos inmunocomprometidos. Muchos de estos taxones están clasificados como objetivos prioritarios globales para el desarrollo de medicamentos antimicrobianos por la Organización Mundial de la Salud y los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU. Dada la gravedad clínica de las enfermedades vinculadas a algunas especies, los murciélagos deberían integrarse en los sistemas de vigilancia epidemiológica. Sin embargo, la falta de prácticas de reporte estandarizadas limita significativamente la comparabilidad y utilidad de los datos del microbioma de los murciélagos para análisis ecológicos y epidemiológicos robustos.