La construcción de presas altera la integridad de los ríos y el ciclo hidrológico, desempeñando un papel fundamental en la organización de las comunidades biológicas, incluyendo la del fitoplancton. En el presente estudio, analizamos la composición taxonómica del fitoplancton en dos embalses hidroeléctricos del río São Francisco: Itaparica y Xingó. Se recolectaron muestras trimestralmente entre diciembre de 2007 y septiembre de 2009, en 12 estaciones de muestreo en cada embalse, con un total de 92 muestras. Se identificaron 110 especies en el embalse de Itaparica y 136 en el de Xingó, de las cuales las diatomeas, seguidas de las algas verdes, contribuyeron significativamente a ambos embalses. La mayoría de las especies son raras y/o ocasionales. En el embalse de Itaparica, no se encontraron especies muy frecuentes, aunque en el de Xingó esta categoría estuvo representada por las diatomeas Aulacoseira granulata (Ehrenberg) Simonsen y Fragilaria crotonensis Kitton. Estos resultados muestran que, a pesar de la similitud en la composición del fitoplancton, los embalses estudiados ciertamente diferían en cuanto a sus condiciones ambientales.