El comportamiento maternal de las cerdas es importante para mejorar la supervivencia y el crecimiento de los lechones; por lo tanto, es necesario criar cerdas con buenas habilidades maternas para la producción porcina. Sin embargo, hay poca investigación sobre el mecanismo genético del comportamiento maternal. En este estudio, se realizó un análisis comparativo de los rasgos de crecimiento de los lechones entre grupos de buen y mal comportamiento maternal y un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) para elucidar el impacto del comportamiento maternal de las cerdas en el crecimiento de los lechones e identificar genes y marcadores candidatos del comportamiento maternal de las cerdas. Al comparar los rasgos de crecimiento de los lechones entre los grupos de buen y mal comportamiento maternal de las cerdas, los resultados mostraron que los rasgos de crecimiento de los lechones de cerdas con buen comportamiento maternal eran mejores que los de cerdas con mal comportamiento maternal y, especialmente para el grupo de cerdas multíparas, esta diferencia comparativa fue significativa. Para el estudio intensivo de los mecanismos genéticos del comportamiento maternal de las cerdas, se genotiparon un total de 452 cerdas utilizando el chip SNP Porcino 50K de Illumina, y se examinaron 4 rasgos, incluyendo morder lechones (BP), aplastar lechones (CP), pisotear lechones (TP) y prueba de gritos (ST). Utilizando un GWAS, se encontraron 20 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) asociados con estos rasgos. Dentro de 1 Mb aguas arriba y aguas abajo de los SNP significativos seleccionados, se obtuvieron 138 genes. Después de la enriquecimiento de vías y la anotación de genes, se identificaron como genes candidatos importantes que afectan el comportamiento maternal de las cerdas. Estos hallazgos elucidan preliminarmente la base genética de los rasgos de comportamiento maternal de las cerdas y proporcionan genes y marcadores candidatos para la cría molecular en cerdos.