El carbono orgánico del suelo (SOC) juega un papel crucial en el control del proceso de oxidación de Fe(II) dependiente de nitrato (NDFO), especialmente en suelos salinos- alcalinos. Los efectos de la devolución de paja combinada con la aplicación de fertilizantes de nitrógeno (N) en el contenido de NO-N del suelo, la forma de Fe(II) y los genes en suelos salinos-alcalinos fueron estudiados en un experimento de campo de cinco años para explorar el mecanismo regulador del SOC en el proceso de NDFO. Se diseñaron seis tratamientos con dos factores (1) tres tasas de devolución de paja (C0, C1 y C2, que eran 0, 4500 y 9000 kg C ha, respectivamente) y (2) dos tasas de fertilización de N (N1 y N2, que eran 255 y 400 kg N ha, respectivamente). Bajo ambos niveles de N, en comparación con las tasas C0 y C2, el contenido de NO-N aumentó en un 65% y un 50% en la tasa C1, respectivamente. Los genes disminuyeron con la devolución de paja, siendo un 42,9-58,8% más bajos en los tratamientos C1 y C2 que en el tratamiento C0, respectivamente. En el tratamiento N1C1, el aumento del SOC redujo la desnitrificación al convertir el Fe(II) acuoso en complejos de Fe(II)-OM y reducir la abundancia de genes. En general, una devolución de paja adecuada (C1) bajo una tasa óptima de fertilización de N (N1) podría reducir la pérdida de N al disminuir el proceso de NDFO en suelos de arrozal salinos-alcalinos.