Argumentamos que una diferencia crítica que distingue a las máquinas de los organismos y a las computadoras de los cerebros no es la complejidad en un sentido estructural, sino una diferencia en la organización dinámica que no está bien contabilizada por las medidas actuales de complejidad. Proponemos una medida de la complejidad de un sistema que es en gran medida ortogonal a las concepciones computacionales, teóricas de la información o termodinámicas de la complejidad estructural. Lo que llamamos la profundidad dinámica de un sistema es una dimensión separada de la complejidad del sistema que mide el grado en que exhibe niveles discretos de organización dinámica no lineal en los que los niveles sucesivos se distinguen por la reducción de la entropía local y la generación de restricciones. Un sistema con mayor profundidad dinámica que otro consiste en un mayor número de tales niveles dinámicos anidados. Así, un sistema mecánico o termodinámico lineal tiene menos profundidad dinámica que un sistema inorgánico autoorganizado, que tiene menos profundidad dinámica que un sistema vivo. Incluir una evaluación de la profundidad dinámica puede proporcionar una descripción más precisa y sistemática de la diferencia fundamental entre los sistemas inorgánicos (baja profundidad dinámica) y los sistemas vivos (alta profundidad dinámica), independientemente del número de sus partes y de las relaciones causales entre ellas.