Análisis del Pan-Genoma a Nivel de Género de los Genes de las Quinasa de Proteínas Dependientes de Calcio y Sus Quinasas Relacionadas Destaca la Complejidad de las Arquitecturas de Dominio de Proteínas y la Dinámica de Expresión
Autores: Shi, Fu; Li, Li; Chen, Mingjie; Chang, Junli; Tu, Min; He, Guangyuan; Li, Yin; Yang, Guangxiao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Análisis del Pan-Genoma a Nivel de Género de los Genes de las Quinasa de Proteínas Dependientes de Calcio y Sus Quinasas Relacionadas Destaca la Complejidad de las Arquitecturas de Dominio de Proteínas y la Dinámica de Expresión
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Pool genético
Mejora del arroz
Sistema modelo
Investigación evolutiva de plantas
Señalización de calcio
Respuestas al estrés
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
El género no solo sirve como un reservorio genético para la mejora del arroz, sino también como un sistema modelo para la investigación evolutiva de las plantas. Las quinasas de proteínas dependientes de calcio (CPKs) funcionan tanto como efectores como sensores en la señalización del calcio y desempeñan roles versátiles en el desarrollo de las plantas y las respuestas al estrés. Cuatro familias de quinasas, a saber, quinasas relacionadas con CPK (CRKs), quinasas de carboxilasa de fosfoenolpiruvato (PPCKs), quinasas relacionadas con PPCK (PEPRKs) y quinasas dependientes de calcio y calmodulina (CCaMKs), son frecuentemente llamadas quinasas relacionadas con CPK. Este estudio utilizó enfoques de genómica evolutiva y proporcionó los repertorios del pan-genoma y sus quinasas relacionadas en 34 genomas aprovechando los ricos recursos genómicos del género. El análisis de duplicación de genes reveló que distintos tipos de duplicación contribuyeron a la expansión y sus quinasas relacionadas en el arroz silvestre. Representamos las arquitecturas de dominios de proteínas de CPKs y sus quinasas relacionadas, destacando la complejidad de los motivos de mano EF en CPKs y CCaMKs. El análisis del transcriptoma determinó que el empalme alternativo era un mecanismo que contribuía a la diversidad en las arquitecturas de dominios de CPKs y CCaMKs. También generamos el atlas de expresión de y sus quinasas relacionadas en múltiples especies del género, enfatizando patrones de expresión homeóloga divergentes a través de tejidos y especies en el arroz silvestre alotetraploide. En conjunto, nuestro análisis a nivel de -reveló sus trayectorias evolutivas y destacó sus arquitecturas de dominio diversificadas y dinámicas de expresión, proporcionando recursos genéticos de parientes silvestres para la mejora del arroz.
Descripción
El género no solo sirve como un reservorio genético para la mejora del arroz, sino también como un sistema modelo para la investigación evolutiva de las plantas. Las quinasas de proteínas dependientes de calcio (CPKs) funcionan tanto como efectores como sensores en la señalización del calcio y desempeñan roles versátiles en el desarrollo de las plantas y las respuestas al estrés. Cuatro familias de quinasas, a saber, quinasas relacionadas con CPK (CRKs), quinasas de carboxilasa de fosfoenolpiruvato (PPCKs), quinasas relacionadas con PPCK (PEPRKs) y quinasas dependientes de calcio y calmodulina (CCaMKs), son frecuentemente llamadas quinasas relacionadas con CPK. Este estudio utilizó enfoques de genómica evolutiva y proporcionó los repertorios del pan-genoma y sus quinasas relacionadas en 34 genomas aprovechando los ricos recursos genómicos del género. El análisis de duplicación de genes reveló que distintos tipos de duplicación contribuyeron a la expansión y sus quinasas relacionadas en el arroz silvestre. Representamos las arquitecturas de dominios de proteínas de CPKs y sus quinasas relacionadas, destacando la complejidad de los motivos de mano EF en CPKs y CCaMKs. El análisis del transcriptoma determinó que el empalme alternativo era un mecanismo que contribuía a la diversidad en las arquitecturas de dominios de CPKs y CCaMKs. También generamos el atlas de expresión de y sus quinasas relacionadas en múltiples especies del género, enfatizando patrones de expresión homeóloga divergentes a través de tejidos y especies en el arroz silvestre alotetraploide. En conjunto, nuestro análisis a nivel de -reveló sus trayectorias evolutivas y destacó sus arquitecturas de dominio diversificadas y dinámicas de expresión, proporcionando recursos genéticos de parientes silvestres para la mejora del arroz.