El control de la expresión génica es fundamental para dar forma al genotipo y fenotipo de los organismos pro y eucariotas. Las vías reguladoras de la expresión génica dependen únicamente de las interacciones proteína-proteína y proteína-ácido nucleico, las cuales determinan el destino de los ácidos nucleicos. Las interacciones ARN-proteína juegan un papel significativo en la regulación co y post-transcripcional para controlar la expresión génica. Las proteínas de unión al ARN (RBPs) son un grupo diverso de macromoléculas que se unen al ARN y desempeñan un papel esencial en la biología del ARN al regular el procesamiento, maduración, transporte nuclear, estabilidad y traducción del pre-ARN. Por lo tanto, los estudios destinados a investigar las interacciones ARN-proteína son esenciales para avanzar en nuestro conocimiento sobre los patrones de expresión génica asociados con la salud y la enfermedad. Aquí discutimos las tecnologías de larga data y actuales que se utilizan ampliamente para estudiar las interacciones ARN-proteína in vivo. También presentamos las ventajas y desventajas de cada método discutido en la revisión.