Los inoculantes o biofertilizantes que buscan reemplazar parcial o totalmente a los fertilizantes químicos están cobrando cada vez más importancia en la agricultura, ya que hay una percepción global de la necesidad de aumentar la sostenibilidad. En esta revisión, discutimos algunos resultados importantes de la inoculación de una variedad de cultivos con rizobios y otras bacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPB). Se han logrado importantes mejoras en la calidad de los inoculantes y en el lanzamiento de nuevas cepas y formulaciones. Sin embargo, la agricultura seguirá demandando pesticidas químicos, y su baja compatibilidad con los inoculantes, especialmente cuando se aplican a las semillas, representa una limitación importante para el éxito de la inoculación. Las diferencias en la compatibilidad entre pesticidas e inoculantes dependen de su principio activo, formulación, momento de aplicación y período de contacto con microorganismos vivos; sin embargo, en general tienen un alto impacto en la supervivencia celular y el metabolismo, afectando la contribución microbiana al crecimiento de las plantas. Se necesitan nuevas estrategias para resolver la incompatibilidad entre pesticidas e inoculantes, ya que las propuestas hasta la fecha siguen siendo muy modestas en términos de demanda.