La hibridación genómica (CGH) del ADN total de dos animales individuales etiquetados con dos tintes fluorescentes diferentes se mapea en una metafase objetivo, que puede ser de la misma especie o de una especie diferente. Este enfoque permite identificar el patrón de distribución de secuencias repetitivas en los cromosomas. Además, es posible identificar la pérdida o ganancia de secuencias repetitivas entre especies a través de este enfoque, cambios que pueden ocurrir durante la evolución de las especies. Estos cambios pueden ser útiles para delinear cuestiones dinámicas o filogenéticas de las secuencias repetitivas y de conservación.