Los análisis comparativos del cromosoma Y proporcionan valiosos conocimientos sobre la diversidad genética, la diferenciación de especies y la historia evolutiva. En este estudio, examinamos los cromosomas Y del bisonte europeo (n = 32), el bisonte americano (n = 2) y el ganado doméstico (n = 6). Utilizando métodos citogenéticos clásicos (C-banding), medimos características estructurales clave: longitud, longitud relativa, área, área relativa y contenido de heterocromatina. Los análisis revelaron diferencias morfológicas consistentes entre las especies, siendo el C-band el parámetro más informativo. Los métodos estadísticos multivariantes, incluidos los análisis de componentes principales y discriminantes, demostraron que el ganado doméstico es distinto de ambas especies, mientras que el bisonte europeo y el bisonte americano son más similares, aunque aún separables. La alta precisión de clasificación confirmó la solidez de los marcadores aplicados. Estos hallazgos destacan el potencial de la morfología del cromosoma Y como un enfoque comparativo poderoso para distinguir especies estrechamente relacionadas y su relevancia para la investigación sobre biodiversidad y conservación.