(PMA) y (PIX) tienen un valor económico, medicinal y ornamental significativo y a menudo se utilizan en los campos de frutas comestibles, hierbas medicinales y plantas ornamentales. En el presente estudio, obtuvimos las secuencias completas del genoma del cloroplasto (cp) de PMA y PIX, las comparamos con las secuencias del genoma del cp de 10 especies y construimos el árbol filogenético entre la tribu Physaleae. Los resultados mostraron que los genomas de cp de PMA y PIX estaban compuestos por una región de copia única grande (LSC) (87,115 pb y 87,103 pb, respectivamente), una región de copia única pequeña (SSC) (18,412 pb y 18,420 pb, respectivamente) y un par de regiones de repetición invertida de la misma longitud (IRa e IRb) (25,604 pb y 25,674 pb, respectivamente). Las dos especies contenían 132 genes, incluidos 87 que codifican proteínas, ocho que codifican ARN ribosomal (rARN) y 37 que codifican ARN de transferencia (tARN), lo que indicaba que las dos especies tienen fuertes similitudes en cuanto a la estructura del genoma y el contenido génico. PMA y PIX contenían secuencias repetidas (35 y 40, respectivamente) y repeticiones de secuencias simples (SSRs) (61 y 60, respectivamente). Se encontraron nueve regiones con una considerable divergencia de nucleótidos, la mayoría de las cuales estaban ubicadas en las regiones LSC y SSC. El análisis de la presión selectiva de genes indicó que ocho genes fueron afectados por selección positiva, cuyos valores de Ka/Ks eran mayores que uno. Nuestros resultados filogenéticos indicaron que PMA y PIX tenían la relación genética más cercana y están estrechamente adyacentes a (PPH) en la subtribu Physalinae. Nuestro análisis de los genomas de cp en ambas especies será beneficioso para futuras investigaciones sobre la identificación de especies, filogenia, evolución y el potencial de explotación de recursos de germoplasma en .