Amaranthus es un género de especies de plantas herbáceas dicotiledóneas C4 que se distribuyen ampliamente en Asia, África, Australia y Europa, y se utilizan como grano, verduras, forrajes y plantas ornamentales. Las especies de amaranto han ganado una atención significativa en la actualidad como fuentes potenciales de alimentos nutritivos y productos industriales. En este estudio, realizamos un análisis comparativo del genoma de cinco especies de amaranto, a saber, , , , , y . El contenido de repeticiones estimado varió del 54.49% al 63.26% y no se correlacionó con los tamaños de los genomas. De las clases de repeticiones predichas, la mayoría de las secuencias repetitivas eran elementos de Repetición Terminal Larga (LTR), que representan aproximadamente del 13.91% al 24.89% de todos los genomas de amaranto. El análisis filogenético basado en 406 genes ortólogos de copia única reveló que está más estrechamente relacionado con y distanciadamente relacionado con . Sin embargo, las especies de amaranto dioicas, como y , que pertenecen a los subgéneros Amaranthus Acnida, han formado su clado distinto. El análisis comparativo de los datos genómicos de las especies de amaranto será útil para identificar y caracterizar genes agronómicamente importantes y sus mecanismos de acción. Esto facilitará estudios evolutivos basados en genómica y estrategias de cría para diseñar programas de mejora de cultivos más rápidos, precisos y predecibles.