El ictioplancton es el conjunto de organismos planctónicos que consiste en huevos y larvas de peces. Estas etapas planctónicas pertenecen al zooplancton temporal, representando futuras poblaciones explotables. El estudio de la ontogénesis temprana de los peces juega un papel clave en la comprensión y evaluación de estas poblaciones a través del estudio de su abundancia y su distribución espacio-temporal. Para entender y proteger mejor estos recursos pesqueros, es esencial identificar las diferentes etapas del desarrollo embrionario de los peces. Esta identificación generalmente se realiza utilizando el método clásico, basado en criterios morfológicos bajo una lupa binocular; sin embargo, esta metodología no siempre es suficiente y es consumidora de tiempo, por lo tanto, es necesario depender cada vez más de herramientas moleculares. El principal problema con estas herramientas es el rendimiento y la calidad de los ácidos nucleicos extraídos del ictioplancton, especialmente en el caso de los huevos, que son pequeños. Se han utilizado varios métodos para la extracción de ADN del ictioplancton, ya sea automatizados o manuales, pero muy a menudo de larvas o adultos. En el presente trabajo, se compararon cinco protocolos de extracción de ADN de huevos de peces en función de su rendimiento de ADN y calidad de extracción, verificados por electroforesis en gel de agarosa y amplificación cuantitativa por PCR. Los resultados mostraron que la extracción mediante nuestro protocolo de calor para PCR directa (Hp-dPCR) presenta el protocolo más simple y económico de todos los kits utilizados en este estudio, proporcionando una cantidad y calidad suficientes de ácidos nucleicos para ser utilizados en la amplificación por PCR, y estando al alcance de laboratorios del tercer mundo que a menudo no tienen presupuestos lo suficientemente grandes para obtener kits automatizados.