Se investiga el comportamiento de la ionosfera ecuatorial brasileña durante los períodos de mínimo solar, 1996 y 2009, que abarcan los ciclos solares 22/23 y 23/24, respectivamente. Para ello, se analizan cuidadosamente la frecuencia crítica de la capa y la altura pico registradas por un Digisonde operado en São Luis (2.33 grados S; 44 grados O). Los resultados muestran que los valores medios estacionales de la frecuencia crítica y la altura pico en los equinoccios y el invierno durante 2009 fueron más bajos que en 1996. En el verano, se observó una respuesta anómala a la variabilidad solar. En este caso, la frecuencia crítica en 2009 es más alta que en 1996 durante un intervalo diurno específico. Además, se verificó que la mejora previa a la inversión del campo eléctrico zonal (PRE) durante los equinoccios en 2009 ocurrió unos minutos antes que en 1996. Adicionalmente, se utilizó un análisis de Transformada Rápida de Fourier (FFT) para investigar los impactos de las mareas atmosféricas solares (modos de amplitud, diurnos, semidiurnos y terdiurnos) sobre los parámetros de frecuencia crítica y altura pico con respecto a su estacionalidad. Se observaron diferencias significativas entre sus valores durante los dos mínimos, principalmente en la amplitud de la frecuencia crítica, que fue más alta en 1996 que en 2009 para todos los días analizados. Además, la estacionalidad en los modos diurnos y semidiurnos para ambos períodos presentó una variabilidad anual, mientras que el modo terdiurno exhibió componentes anuales y semi-anuales. Los resultados se comparan con el modelo de la Ionosfera Internacional de Referencia (IRI), y se discuten las principales diferencias entre la observación y los resultados del modelo en este trabajo.