La carne de conejo representa una fuente de alimento densa en nutrientes y rica en proteínas que está experimentando una demanda creciente en la región de Asia-Pacífico. Para investigar las diferencias en el crecimiento muscular entre los conejos de lino de Sichuan (Ma) y los gigantes a cuadros (Ju), este estudio examinó el desarrollo de las fibras musculares en los músculos del muslo y el longissimus dorsi a los 28, 56 y 84 días postnatales. Se observaron diferencias significativas en el área de las fibras musculares entre los conejos Ma y Ju a los 56 días. Se identificaron los perfiles de expresión génica de los músculos de 56 días, seguidos por el análisis de los genes expresados diferencialmente (DEGs) asociados con el desarrollo del crecimiento muscular. Los análisis funcionales revelaron vías biológicas críticas, incluyendo la glucólisis y la señalización HIF-1, así como procesos celulares como la migración de células musculares y la muerte celular programada. Como la primera investigación comparativa del desarrollo muscular y los perfiles transcripcionales entre conejos de tipo carne de alta y baja tasa de crecimiento, este estudio elucida los mecanismos moleculares subyacentes al crecimiento muscular, al tiempo que ofrece una base para mejoras genéticas destinadas a optimizar los rasgos de producción de carne.