El estrés por sequía representa una amenaza significativa para el crecimiento y la producción de manzanas. Aunque hay un aumento en los estudios sobre el mecanismo molecular en la respuesta de las manzanas a la sequía, la mayoría de estos estudios se centran en las hojas. Sin embargo, las raíces son el primer organismo en percibir la señal de sequía y desempeñan un papel importante en la respuesta a la sequía. Los mecanismos moleculares subyacentes en las raíces de las manzanas en respuesta a la sequía necesitan ser explorados más a fondo. En este estudio, realizamos un análisis transcriptómico comparativo de las raíces de genotipos de manzanas resistentes a la sequía () y susceptibles a la sequía () bajo diferentes contenidos de agua en el suelo con 60% (control), 30% (sequía leve), 10% (sequía moderada) y 5% (sequía severa). El análisis de las vías de Mapman mostró que exhibió una activación más rápida de la biosíntesis de ácido abscísico (ABA) (, ) y la vía de señalización, así como la inducción de factores de transcripción (, , ) en comparación con bajo tratamientos de sequía leve y moderada. Esto podría ser una de las razones por las que muestra una mayor resistencia a la sequía. Además, se adoptó el análisis de la red de co-expresión génica ponderada (WGCNA) para la identificación de genes centrales responsivos a la sequía. Notablemente, tres genes centrales, la enzima de conjugación de ubiquitina 32 (UBC32), el factor de transcripción básico de leucina-zipper 4 (bZIP4) y el gen 2 altamente inducido por ABA PP2C (HAI2), fueron seleccionados de los diferentes módulos, lo que sugiere sus roles vitales en la respuesta a la sequía. En resumen, nuestros resultados proporcionan información sobre las alteraciones en la expresión global en germoplasmas resistentes y susceptibles a la sequía bajo diferentes condiciones de sequía e identifican algunos genes clave involucrados en la respuesta a la sequía, lo cual es útil para la futura cría de manzanas resistentes a la sequía.