El coco es un cultivo económico tropical importante y exhibe una alta tolerancia a varios tipos de estrés por salinidad. Sin embargo, se conoce poco sobre el mecanismo molecular subyacente a su tolerancia a la sal. En este estudio, se aplicó RNA-Seq para examinar los diferentes genes expresados en cuatro variedades de coco cuando se expusieron a un ambiente salino, lo que resultó en la generación de datos para 48 transcriptomas. El análisis comparativo de transcriptomas mostró que algunos genes involucrados en la biosíntesis de cutina y cera fueron significativamente regulados al alza en el tratamiento con sal en comparación con el control, incluyendo CYP86A4, HTH, CER1, CER2, CER3, DCR, GPAT4, LTP3, LTP4 y LTP5. En particular, la expresión de CER2 se indujo más de seis veces, con un valor de RPKM de hasta 205 diez días después del tratamiento con sal en el coco Hainan Tall, demostrando una capacidad superior en tolerancia a la sal en comparación con las variedades de coco enanas. Sin embargo, para las variedades de coco enano amarillo y enano rojo, el nivel de expresión del gen CER2 fue bajo en cuatro puntos temporales diferentes después de la exposición al tratamiento con sal, lo que sugiere que este gen puede contribuir a la divergencia en la tolerancia a la sal entre las variedades de coco altas y enanas. La evidencia citológica mostró una mayor abundancia de acumulación de cutícula en el coco alto y un daño severo a la cera cuticular en el coco enano.