Huanglongbing (HLB), también conocido como enverdecimiento de los cítricos, es una enfermedad devastadora que afecta a la industria de los cítricos a nivel mundial. Este estudio tuvo como objetivo investigar las respuestas transcripcionales de dos especies de Rutáceas, Mandarina Ponkan (susceptible) y Wampee Puntiagudo (resistente), a la infección por HLB. Se realizó un análisis comparativo del transcriptoma para identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) y vías involucradas en los mecanismos de defensa. Los datos del transcriptoma mostraron que en la Mandarina Ponkan susceptible, hubo 1519 genes sobreexpresados y 700 genes subexpresados, mientras que en la variedad resistente de Wampee Puntiagudo, hubo 1611 genes sobreexpresados y 1727 genes subexpresados. Tras la infección, 297 genes fueron sobreexpresados en ambas variedades, mientras que 211 genes fueron subexpresados en ambas. Estos genes incluyeron factores de transcripción de diferentes familias como WRKY, ERF y MYB. La Mandarina Ponkan se basa principalmente en vías como la síntesis de lignina y la modificación de la pared celular para defenderse contra el HLB, mientras que el Wampee Puntiagudo principalmente resiste al HLB regulando la homeostasis celular y el metabolismo. El Análisis de Red de Coexpresión Génica Ponderada (WGCNA) identificó diez genes de resistencia clave potenciales en la variedad resistente de Wampee Puntiagudo, incluyendo genes involucrados en la biosíntesis de lignina y genes relacionados con vías de señalización celular. Estos hallazgos no solo mejoran nuestra comprensión de los distintos mecanismos de defensa empleados por las especies cítricas contra la infección por HLB, sino que también ofrecen nuevas perspectivas para desarrollar estrategias efectivas de prevención y manejo contra esta enfermedad.