Las líneas de callo embriogénico de aguacate fueron seleccionadas por su resistencia al filtrado de cultivo (CF) de , el agente causal de la enfermedad de la pudrición de la raíz blanca. Se obtuvo una línea de callo resistente a través de selecciones recurrentes en concentraciones de CF fúngico progresivamente crecientes (del 60% al 80%). La tecnología de secuenciación de ARN (RNA-Seq) se utilizó para comparar los perfiles transcriptómicos de la línea de callo embriogénico resistente de aguacate L3 (capaz de sobrevivir en presencia del 80% de CF) y la línea de control AN-9 (no expuesta a CF), después de 24 h de crecimiento en un medio que contiene 40% CF. Se obtuvieron un total de 25,211 transcripciones, de las cuales 4,918 y 5,716 estaban diferencialmente expresadas en la línea resistente y la de control, respectivamente. Interesantemente, la exposición de las líneas de callo embriogénico al 40% de exudados indujo genes previamente reportados como relacionados con la defensa del aguacate contra enfermedades fúngicas (biosíntesis de lignina, proteínas relacionadas con la patogénesis (PR), Factor de Transcripción WRKY (WRKYGQK), Factor de Transcripción NAC (NAM, ATAF1/2, y CUC2), inhibidores de proteinasas y Factor de Transcripción de Respuesta a Etileno (ERF), entre otros), los cuales se acumularon en mayores cantidades en la línea resistente en comparación con la susceptible. Esta investigación contribuirá a la comprensión de la defensa del aguacate contra este patógeno, ayudando así en la selección de patrones de raíces de aguacate resistentes.